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== Golpe de estado republicano ==
Em agosto de 1888, para alívio de Isabel, Pedro II voltou da Europa e sua regência terminou. [106] Gastão escreveu:

{{Citar|A avidez e o entusiasmo do público pelo Imperador têm sido muito grandes, ainda mais acentuados, parece-me, do que nas chegadas anteriores. Mas é uma homenagem totalmente pessoal; porque, como penso já ter escrito, o credo republicano fez desde a sua saída no ano passado enormes avanços que impressionam a todos; e, não obstante a prosperidade econômica durante o presente ano, nunca, nos últimos 40 anos, a situação da monarquia brasileira pareceu mais instável do que hoje.}}
Com o imperador doente e Isabel afastada da vida pública, nenhum esforço foi feito para capitalizar a popularidade pública gerada pelo fim da escravidão. Eles haviam perdido o apoio dos proprietários de plantações escravistas, que detinham grande poder político, econômico e social.

Isabel não se interessava por política e não cultivava políticos ou apoio público. Seu zelo religioso era desconfiado, e era amplamente assumido que se ela se tornasse a imperatriz, Gastão manteria o poder, mas Gastão estava isolado por causa de sua crescente surdez e era impopular por causa de seu nascimento estrangeiro. Sua posição foi ainda mais enfraquecida pelas intrigas de seu sobrinho, o príncipe Pedro Augusto de Saxe-Coburgo., que manobrava para ser reconhecido como herdeiro de D. Pedro II. Pedro Augusto foi informado sem rodeios por seu irmão mais novo , "a sucessão não pertence a ela [Isabel], nem ao aleijado [o filho mais velho de Isabel, Pedro], nem ao surdo [Gastão], nem a você também."

Em 15 de novembro de 1889, Pedro II foi deposto em um golpe militar. Ele descartou todas as sugestões para reprimir a rebelião que políticos e líderes militares apresentaram, e simplesmente comentou: "Se for assim, será minha aposentadoria. Eu trabalhei muito forte e estou cansado. Vou descansar então." Em dois dias, ele e sua família estavam a caminho do exílio na Europa.

Isabel divulgou uma declaração pública que dizia:

{{Citar|É com o coração partido de tristeza que me despeço dos meus amigos, de todos os brasileiros, e do país que tanto amei e amo, e para cuja felicidade me esforcei para contribuir e para a qual continuarei manter as esperanças mais ardentes.}}